El CIF ocupa en la actualidad un área de dos plantas en el Edificio de Programas Especiales "Manuel Ancízar" de la Universidad Nacional en Bogotá. El uso de esos espacios está amparado por un convenio marco de cooperación entre las dos entidades y un contrato de comodato. .
El órgano máximo de dirección del CIF es su Consejo de Administración conformado por cinco miembros elegidos por las entidades fundadoras, asesorado por un Consejo Científico Internacional conformado por 14 miembros. El Consejo de Administración nombra a los directores y traza, con la asesoría del Consejo Científico, las pautas que orientan los planes de desarrollo de la entidad.
Organigrama Administrativo CIF